Sured... desfragmentar el disco es el equivalente a que tengas una bodega y todo este desordenado, cuando buscas algo andas de un lado a otro moviendo cosas para sacar esa caja que necesitas pero que sucede si todo esta en orden y bien clasificado... entonces lo encuentras mas rapido y de paso optimizas tu espacio de almacenamiento.
Es lo mismo, mucha gente le hace el feo al desfragmentar el disco duro pero te optimiza el arranque, lectura y carga de aplicaciones y con mas razon cuando guardas y eliminas archivos regularmente o instalas y desinstalas aplicaciones muy grandes. Espero te sirva la informacion.
Al desinstalar por mas que se borren los archivos, carpetas y registros siempre quedan rastros en el Windows; de ahi que una desinstalacion no es ni asi lo optimo. El solo borrar carpetas te deja aplicaciones partidas, causa problemas en la mayoria de los casos en su sistema y hasta caidas. Bien dice Dreamflyer, desinstalar no es borrar aunque parece lo mismo.
tugo31... mi recomendacion es que en el caso de FS (sea el FS9 o el X; por lo pesado y add-ons crea demasiados registros, carpetas y muchisimos archivos) se respalde tu carpeta de Archivos de FS (donde se guarda tu historial como piloto, vuelos precargados y similares) para asi no perder tu historial.
Cierto que es latoso el reinstalar todo el sistema operativo pero aun asi recomiendo partir de cero; cargar la instalacion de Windows y ahi eliminar la particion existente, despues formatear el disco en modo rapido con el propio instalador y proceder con la instalacion de Windows. Inmediatamente de terminar el Windows hay que instalar todos los drivers hasta que ninguno quede marcado con problemas en el administrador de dispositivos, agregar DirectX, packs de Adobe como flashplayer, shockwave, codecs, .NET Framework, Service packs de Windows, actualizaciones del mismo sistema operativo, y aplicaciones que usas como Office, etc.
Hasta aqui y estando ya todo al 100% instalar el Acronis para hacer una imagen de disco y les recomiendo creen una particion nueva para ahi guardarla; asi en caso de alguna falla solo restauran con el cd de arranque que se crea con el mismo programa y dependiendo de su computadora en unos 30 o 60 minutos estara restaurada su computadora con todo al 100% de nuevo; es mas practico que el modo de restaurar sistema de Windows y hasta los dvd originales o arranque de restauracion de algunas computadoras que te la dejan como viene de fabrica.
Se que es algo latoso esto, en mi caso cuando lo hago invierto unas 12 horas o mas en ello pero ya hecho esto es cuando instalo aplicaciones que no uso regularmente y el FS que tambien lo pongo en un disco duro unico.
El el caso del FSX la instalacion va en una carpeta de un segundo disco duro, creo otra carpeta en ese disco duro (por ejemplo que sea el nombre APLICACIONES) y ahi hago la instalacion de packs que me dan la opcion de elegir la carpeta de destino ya que algunos add-ons se van directamente a la ruta de instalacion del FS.
El poder borrar por completo el FS sin reinstalar el sistema operativo puede darse con las utilerias mencionadas en las respuestas anteriores pero dependiendo el problema que tengas y tu equipo puede ser optimo o no. Estudie programacion de computadoras hace muuuchisimos años pero he seguido constantemente en esto en mis ratos libres; esta seria la mejor manera para tener todo optimizado, cualquier cosa que pueda ayudarles con gusto.
Saludos.