Yo vivi en Leon hasta el 2003 y al menos 1 vez al mes me tocaba ir a MMMX. Creo que para cualquier viaje entre Mexico y Leon la mejores opciones son:
1) Primera Plus: Comodo por tener solo 32 asientos y hace 4:30 horas de terminal a terminal. Tiene salidas cada 40 minutos y hasta puedes ver horarios por internet (
www.primeraplus.com.mx). Incluso puedes tener suerte y el chofer te pudiera bajar en el puente del aeropuerto (te toca caminar como 1 km de la carretera al edificio terminal).
2) Servicios coordinados: Es posiblemente un poco menos comodo que Primera Plus, pero es mas barato. Fuera de eso, es lo mismo que Primera Plus (ambas lineas son del mismo grupo). No se que tantas salidas tengan ahora, pero en el 2003 salian cada 40 mins, siempre 20 mins despues del Primera Plus.
3) ETN: Mucho mas comodo por ser solo 24 asientos en un autobus de doble eje y con filas de 3 asientos. Es mas caro y generalmente tarda 30 mins mas en llegar a Leon (y hay menos corridas).
4) Futura: No tan frecuente como Primera Plus, pero en precio y comodidad esta al mismo nivel.
5) Omnibus de Mexico: Igual a Primera Plus y Futura en comodidad y precio. Tiene aun menos salidas que Futura.
Otras lineas pudieran ofrecerte el servicio, pero verifica muy bien tiempos y si hacen paradas o no. Honestamente yo no viajaria en nada que no fuera una de las 5 lineas de aqui arriba (el orden de mi preferencia es el mismo en que las anote).
En general para ir al estado de Guanajuato, lo mejor es Primera Plus porque es la zona de Grupo Flecha Amarilla (duenios de Primera Plus). Antes Mexico estaba dividido en "zonas" y cada grupo camionero tenia la exclusividad en la zona, asi que aunque ahora hay competencia, las lineas todavia respetan mucho las zonas de sus competidores.
Si solo vas al aeropuerto, muy posiblemente te convenga viajar mejor a Silao. El aeropuerto del Bajio esta a 9 kms de la terminal de Silao, pero a 25 km de la de Leon. Ademas en Silao la terminal esta junto a la carretera (asi que estas en la autopista en 1 minuto) mientras que en Leon ya quedo muy metida en la ciudad (minimo 20 mins. para salir en horas pico). En el 2003 un taxi te cobraba de Leon al aeropuerto minimo 150 pesos, asi que de Silao seguramente te cuesta mas barato (ademas que Silao esta antes de Leon, con lo que el boleto de autobus es aun mas barato). Descarta otras opciones como Irapuato o Salamanca, que estan mas lejos del aeropuerto que Silao).
Espero esta informacion te sirva.