El certificado de aeronavegabilidad especifica una tripulación mínima de vuelo según el artículo 79 del reglamento de la LAC , además, como dijeron arriba el artículo 14 del reglamento de expedición de licencias al PTA indica :
Artículo 14.- El piloto tendrá derecho a la certificación por parte de la Autoridad Aeronáutica, de las horas totales de los vuelos, computadas y registradas en su bitácora de vuelo respectiva, de la siguiente forma:
I. El 100% de las horas totales de los vuelos en cualquiera de sus atribuciones como piloto al mando o copiloto, conforme a su licencia y certificado de capacidad vigente.
II. El 100% de las horas totales de los vuelos que realice en simulador de vuelo aprobado por la Autoridad Aeronáutica o de la Autoridad de Aviación Civil, siempre y cuando se haya recibido mediante un curso de instrucción reconocido.
III. El 100% de las horas totales de los vuelos, a los instructores de vuelo y de simulador de vuelo aprobado por la Autoridad Aeronáutica, cuando sean impartidos por éstos, de acuerdo a su certificado de capacidad.
En resumen, a menos que me esté perdiendo de algo importante no hay razón aparente por la cual podrían negarte el llenado de un FPL o la certificación del 100% de las horas en un avión de doble mando siempre y cuando este se encuentre dentro de las capacidades de tu licencia y sus capacidades anexas.
Ahora, desconozco a quién se puede reportar esos comportamientos en comandancias locales, pues muchas veces el exigir tus derechos te deja entre la espada y la pared, sobretodo en un medio tan pequeño como la aviación. Saludos