A ver, creo será mejor ir en orden.
Si lo que quieres es trabajar en mantenimiento de aviones militares, casi no hay de otra que meterse a la milicia. Las fuerzas aéreas de cualquier país le dan mantenimiento a sus aviones internamente, aunque mucho del trabajo pesado (C-checks o revisiones más pesadas) llegan a subcontratarlo a empresas fuera de la milicia.
Si lo que buscas es trabajar en diseño y construcción de aviones militares, como Mexicano no hay mucho donde puedas trabajar: no se fabrican aviones militares en México (salvo uno que otro UAV que no pasan de ser una docena de unidades, por lo que no puedes decir es producción en serie). En el tema de diseño pues hubiera alternativa solo si entraras a un fabricante civil que también haga trabajos de tipo militar. El problema es que, si se trata de un proyecto "clasificado", necesitarías un nivel de acceso a información clasificada que no siempre se da a los no-ciudadanos del país que construye el avión.
Ahora, creo que la dicotomía entre aviación civil y militar es innecesaria. LAs leyes de la física aplican por igual y, a final de cuentas, no te van a contratar para trabajar en aviones militares solamente.
La realidad es que es mejor agarrar un programa de estudios que sea flexible y lo suficientemente amplio para que puedas tener opciones. Y entonces sí, especializarte en el área que más te beneficie.
Ahora, lo interesante es que no necesitas estudiar ingeniería aeronáutica para terminar trabajando en aviación. Hay muchísimos campos de especialidad más allá de ingeniería aeronáutica que te permitirían ingresar a una empresa fabricante de aviones:
- Ingeniería Industrial: puedes aprender muchos procesos de manufactura y/o control de calidad que son vitales para una empresa aeronáutica. Sabías que el avión de Volaris "Berenice" se llama así por una mexicana (de Oaxaca) que trabaja en Airbus en el área de manufactura (ella es Ing. Industrial)?
- Ingeniería Electrónica, Sistemas Electrónicos o Mecatrónica: piensa solamente en todos los componentes electrónicos de un avión. Desde unidades de control de sus motores (los famosos FADEC) hasta los instrumentos en la cabina de vuelo. Puedes trabajar en el diseño y optimización de todos esos sistemas.
- Ingeniería en Sistemas: hay muchísimos componentes controlados via software en los aviones modernos. Un ex-compañero de clase trabajó en Airbus en los buses de datos (los sistemas que transportan información dentro del avión) de sus sstemas de entretenimiento. Otro conocido trabajó en una aerolínea identificando y remediando vulnerabilidades de seguridad en sistemas de comunicación de análisis de diagnóstico en el hangar de los 787 de esa aerolínea.
- Ingeniería mecánica: Hay muchas áreas en las que puedes colaborar: diseño CAD, análisis de materiales, desarrollo de sistemas hidráulicos o neumáticos....
Y no olvidemos que hay muchísimas cosas que ingeniería aeronáutica te aporta. De hecho, el área de estudios es tan amplia que sería difícil decir que si estudias ingeniería aeronáutica te limitas a reparar aviones. Una conocida estudió ingeniería aeronáutica y poco a poco se especializó en sistemas de combustible (de hecho, hizo un doctorado analizando el caso del 777 de BA que cayó en Heathrow por un posible congelamiento del combustible). Ahora mismo trabaja en un fabricante y se enfoca plenamente en sistemas de combustible.