Saludos Big, mira me parece que es la misma herramienta con la que realizas las plataformas, solo que aparece una pestaña a un lado donde escoges el tipo de textura que quieres que tenga, entre esas esta la del agua, checalo. En cuanto a agregar frecuencias, en el mapa das click y te aparece una lista donde puedes agregar NDB, VOR incluso ILS entre otras opciones. Ahora que si quieres agregar frecuencias de torre, te vas a la parte superior en la pestaña "Listas" y te metes en la de comunicaciones, ahi deben de aparecerte las que haya por default, sino las agregas ahi directamente y listo guardas y compilas. Espero te sirva.
Solo como dato adicional, a veces la textura que usa el ade para el agua no es muy buena a la vista, yo por eso suelo usar el sbuilder para crear polígonos del terreno mucho mejores, incluso lineas de carreteras o rios. Para mas opciones, visita Fsdevelopers.com