Que tal "Miguel Mxa"
Ya tengo la información.
Primero encuentra el Numero de "FILE" o archivo que tiene que empezar así APX21260 ya que lo tengas entras al Sim como si fueras a adherir un avión, pero en vez de abrir el de SimObjects abres el que dice solo "Scenery" al abrirlo vas a ver muchas carpetas con números, en el mio es el 0203 ( tal vez no sea el mismo # si tienes fs2004 )
Ahí vas a encontrar los dos "BGL" el del aeropuerto como el de los edificios, solo que el de los edificios las primeras 3 letras son diferentes que al de los aeropuertos.
EJ. El numero de File de Acapulco es APX21260 y el de el edificio es OBX21260 si te fijas son los mismos números pero con diferentes letras al empezar, solo remueve el file que empieza con "OBX" y ponlo en un lugar seguro por si llegaras a mover otro.
Cierra todo de nuevo y abre el Sim, y veras que el edificio ya no va a estar, creo que lo único que no se borra es torre de control.