No y no,
El panel de control sirve para modificar parámetros del sistema, y lo más que puedes hacer es ocultarlo, pero eventualmente lo puedes necesitar para actualizar o modificar algunas configuraciones de tu máquina, en cuanto al archivo msconfig.exe, sirve para afinar la configuración del sistema (que programas se cargan al inicio, arbitrio de system.ini, win.ini, boot.ini, servicios y vainas similares), por lo que no es buena idea eliminarlo.